北京大学眼科中心下设9个亚学科，分别与国际眼科亚科相对应，即：玻璃体视网膜科、白内障与老年眼病科、眼外伤与人工晶体科、角膜科、青光眼科、准分子激光科、斜视与小儿眼科、眼底病内科和眼整形美容科。
　　位于眼科中心大楼六、七层的眼科研究所，占地1,125m?。拥有激光共聚焦显微镜、超高速冷冻离心机、视觉电生理仪、荧光显微镜及照相系统、凝胶成像系 统、超薄冰冻切片机、梯度PCR仪等先进实验设备和实验平台。拥有病理研究室、分子生物学实验室、眼库、免疫实验室、干细胞实验室、超微结构实验室，以及 Dry Lab和Wet Lab两个教学实验室，是功能强大的眼科基础研究平台。眼科中心秉承北京大学医疗机构的特点，十分重视科研工作，2010年在国外权威眼科杂志共发表19 篇SCI论文，在研课题基金包括国家自然科学基金、科技部“973”课题基金、北京市自然科学基金、教育部博士点基金、北京市科委基金、教育部新教师基金 等，基金总数逾千万。