南京市第二医院又名江苏省传染病医院、东南大学附属第二医院，南京市医院、南京市老年病医院和该院合署。由宋美龄基金会创建于1933年，至今已有80年历史。医院专业设施完善，技术力量雄厚，医疗设备先进，是集医疗、教学、科研为一体的江苏省三级甲等医院。医院地处市中心鼓楼区，交通地理优越，占地面积3.9万平方米，拥有现代化的20层门诊病房大楼、医技病房大楼、急诊楼、120急救分站、地下停车场等，现有床位1420张。医院是江苏省传染科质量控制中心、传染科诊疗技术中心、江苏省诊疗中心、江苏省中西医结合肝病研究中心，江苏省紧急医学救援基地，南京中医药大学温病研究所临床基地。有国家临床重点专科1个，省市重点学科、专科10个，国家中医药管理局重点研究室1个。其中感染病科为国家临床重点专科、传染病学为江苏省医学重点学科，传染内科为江苏省重点专科，中西医结合科为江苏省综合（专科）医院示范中医科建设单位，肝内科、肝病检测实验中心、妇产科、外科、感染病科、中西医结合科为南京市重点专科，中心实验室为南京市医学重点实验室建设单位。2013年6月新医技病房楼落成并投入使用，江苏省卫生厅与市卫生局批准同意，南京市第二医院与开展全面业务技术合作，南京市第二医院加入江苏省人民医院集团，江苏省人民医院在二院建立院区（即：江苏省人民医院南京二院院区），共计10个病区，450张病床，以加强综合学科建设，提高传染病危重病人的综合救治能力。医院现有在职职工1070人，卫技人员占82.3%，高级职称人员142人，博士17人，硕士研究生196人。现任院长赵伟博士是东南大学博士生导师，江苏省医学领军人才，江苏省传染病学科带头人，江苏省优秀院长，江苏省政府表彰的省有突出贡献中青年专家，卫生部表彰的全国卫生系统先进个人，中国医师奖、中国中西医结合贡献奖获得者，享受国务院政府特殊津贴。医院设有42个临床医技科室，包括普内科、肝病内科、消化科、感染病科、中西医结合科、肿瘤内科、老年病科、普外科、肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、泌尿外科、肿瘤外科、骨科、心血管内科、整形科、妇科、产科、妇瘤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、重症医学科、人工肝治疗中心、血液透析及肾内科、血液内科、皮肤科、体检中心、放射科、超声诊断科、介入放射科、放疗科、检验科、药学部、临床科研中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊。医院拥有核磁共振（MRI）、64排、16排螺旋CT、直线加速器、1000MA大型DSA、血液透析机、人工肝支持系统、数字胃肠X光机、C臂X光机等先进仪器设备，为医院的医疗及科研工作的开展提供了保证，使医院各种检查及检测项目准确性和精确率都处于全省领先水平。近五年医院共取得科研成果77项，其中部级奖5项，省级15项。承担国际合作项目2项，国家重点专项6项，国家自然科学基金8项，省部级项目16项。编写专著7部，获专利证7项。发表SCI论文74篇（最高影响因子39.06），中华系列期刊论文127篇。该院两次荣获全国卫生系统先进集体、连续多年保持江苏省文明单位、南京市文明单位称号。