2004年10月，南京医科大学眼科医院创建。医院依托南京医科大学的雄厚资源，坚持“人才兴院”、“科技兴院”的方针，积极引进高端人才，组建高层次的医疗队伍。目前，医院拥有副教授（副主任医师）以上20人，其中教授（主任医师）9人，副教授（副主任医师）11人，博士5人，博士生导师1人，硕士生导师5人，具有全省所有医院中眼科整体实力最强的人才优势。

　　眼视光专业获得卫生部、教育部批准，已于2009年招生，目前在校76名学生。在积极开展医疗、教学的基础上，医院把开展科研任务放在医院发展的重要地位。自成立以来，医院已有33篇学术论文被SCI收录。医院眼科系南京市医学重点专科，设有白内障科、青光眼科、屈光、角膜病科、葡萄膜眼底病科、眼外伤科、眼表科、泪道疾病科、眼肌斜弱视科、中西医结合眼科、眼肿瘤整形科等16个专科，开设了专家专病门诊，由着名专家担任学科专科带头人。

　　医院拥有江苏省内最先进的全套眼科诊疗设备，包括蔡司VisuMax全飞秒激光、U视飞秒激光手术平台、达芬奇飞秒激光、EX500准分子激光近视治疗仪、爱尔康LenSx白内障飞秒激光超声乳化系统、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套进口治疗设备以及OCT（光学相干断层扫描）、脉络膜血管造影仪、附20Hz的最新眼科专科A/B超、角膜地形图、全景200广角激光眼底照相机、博士伦MILLENNIUMTM 玻切/超声乳化仪、SOVEREIGN COMPACT超声乳化仪、Zeiss手术显微镜、角膜共焦显微镜、视网膜厚度分析仪等一系列进口检查设备，具有省内设备最先进、最新最全的优势。

　　医院在江苏省内率先制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、白内障诊疗流、医学验光诊疗流程等，做到充分利用循证医学，使诊疗行为规范化，从而对一些容易忽视、误诊的眼科疾病做到早期发现、诊断和治疗。