医院拥有一批国家级有突出贡献的专家队伍。截止2014年底,已有中国工程院院士1人,卫生部突出贡献中青年专家3人,国家973项目首席科学家1人,国家自然基金杰出青年基金1人,国家自然基金优秀青年基金1人,中组部青年拔尖人才计划2人,人事部百千万人才计划3人,上海市千人计划3人,上海市科技精英1人,上海市领军人才8人,上海市优秀学科带头人11人,启明星(跟踪)34人,浦江人才计划14人。1人获南丁格尔奖,3人获全国劳模称号,9人获上海市劳模称号。
医院的骨外科、内分泌与代谢病学、心血管病学是国家级重点学科;四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学是上海市重点学科;先后经上海市人民政府批准设立上海市创伤骨科临床医学中心和上海市糖尿病临床医学中心;国家中医药管理局批准设立全国综合性医院示范中医科;上海市卫生局批准成立上海市急性创伤急救中心、上海市传染病专科诊治中心和上海市危重孕产妇会诊抢救中心;耳鼻咽喉科、泌尿外科、普外科、血液内科、麻醉科、超声医学科、心血管内科、妇产科为上海交通大学医学院重点学科。