手术不仅是有效的治疗，而且是确定诊断、明确分期的必要手段。一旦怀疑为卵巢恶性肿瘤，即应及早手术。对早期癌行分期手术，包括切除肿瘤及明确分期。对晚期癌，行肿瘤细胞减灭术，尽可能切除原发肿瘤及所有的转移灶，使瘤细胞数减少到低限度。对年轻有生育要求者，符合条件者可行保守性手术保留生育功能。
如果第一次手术很不彻底，只做了活检或部分切除，或考虑肿瘤期别太晚，手术不能达到满意的肿瘤细胞减灭，应化疗1～3个疗程后再行手术。术后残余瘤<2cm，特别是<1cm者预后明显改善。对复发癌是否再次手术尚有争议，应视患者的具体情况综合考虑。
手术时首先应详细探查，包括腹腔灌洗，盆腹腔脏器及盆腔，腹膜后淋巴结的触诊和横膈，腹膜，大网膜的的多点活检，以进行准确的肿瘤分期。手术方式分为彻底手术和保留生育机能的保守性手术。彻底手术的范围包括双侧附件、子宫、大网膜、阑尾切除和盆腔及腹膜后淋巴结清扫术，对于肿瘤在盆腔有广泛种植转移的病人，主张尽可能做肿瘤细胞减灭术。
williams等人报道手术切除干净的病人，术后化疗的完全缓解率为83%，基本切净者(残存瘤直径<2cm)完全缓解率为59%，而部分切除者(存瘤直径>2cm)术后化疗的完全缓解率为42%。因而尽管恶性生殖细胞肿瘤对联合化疗敏感，但手术中尽量将肿瘤切除干净仍是―个治疗成功的关键。
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